植物免疫的系統層級整合涉及 NLR 網絡、微生物組互作和抗病育種。
NLR 網絡與 sensor-helper 模型
Adachi et al.（2019, Nat. Plants 5: 1234）提出植物 NLR 分為 sensor NLR（偵測效應子）和 helper NLR（執行免疫）。sensor NLR 可整合非典型域（integrated domains, IDs），如 RRS1 含有 WRKY domain 作為效應子的「誘餌」。helper NLR（NRG1、ADR1 家族）被 sensor NLR 的產物（TIR 的 NADase 產物或 CC 域的構型變化）活化後形成 resistosome 在膜上引起離子失衡。此 sensor-helper 架構提供了模組化的免疫網絡——不同 sensor 可共用同一套 helper，增加組合靈活性。
NLR 基因的演化動態
NLR 基因座是基因組中演化最快的區域之一，受到多種選擇壓力：(1) 平衡選擇維持多態性（如阿拉伯芥 RPP13 座位的多態性已存續數百萬年）；(2) 頻率依賴性選擇（罕見 R 等位基因有優勢，因為病原菌尚未演化出相應的逃避策略）；(3) 串聯重複和不等交換提供新 NLR 的原料。Barragan & Weigel（2021, Curr. Opin. Plant Biol. 62: 102039）的綜述指出 NLR 的 autoimmunity risk（不正確的 NLR 活化導致自體免疫樣症狀）是 NLR 多樣性的約束因素。
根際微生物組與免疫
Berendsen et al.（2012, TIPS 17: 478）提出植物主動招募有益微生物的「cry for help」假說：病原攻擊 → 根分泌物改變 → 選擇性富集特定有益菌 → ISR 增強。Durán et al.（2018, Nat. Microbiol. 3: 1044）利用 SynCom（合成微生物群落）證明根際微生物組的完整性對阿拉伯芥免疫至關重要——無菌植物（germ-free）對病原菌極度敏感。MYB72 在根中被有益菌誘導，啟動 scopoletin 等 coumarin 的合成分泌，coumarins 既抑制病原菌又促進有益菌——形成正反饋。
廣譜抗病的工程策略
(1) 將非宿主 PRR 跨物種轉移——如將阿拉伯芥 EFR 轉入番茄增加對多種細菌病原的抗性（Lacombe et al., 2010, Nat. Biotechnol. 28: 365）。(2) NLR 的結構引導工程——修改 sensor NLR 的 ID 使其識別新的效應子。(3) 利用 resistosome 結構知識設計合成免疫模組。
文獻參考：Adachi, H. et al. (2019). Nat. Plants, 5, 1234-1245. / Durán, P. et al. (2018). Nat. Microbiol., 3, 1044-1054.