適應性免疫（Adaptive Immunity）是脊椎動物獨有的免疫臂膀，以淋巴細胞的克隆選擇（clonal selection，Burnet 1957）為核心邏輯：每個淋巴細胞攜帶獨特的抗原受體，遇到匹配抗原時被選殖性擴增。此系統具備四大特性——專一性（specificity）、多樣性（diversity）、記憶性（memory）和自我耐受性（self-tolerance）。
淋巴細胞發育與選擇
B 細胞在骨髓中經歷 pro-B → pre-B → immature B → mature B 的分化過程。V(D)J 重組由 RAG1/RAG2 重組酶催化，將免疫球蛋白重鏈的 V、D、J 基因片段隨機拼接。組合多樣性（combinatorial diversity，人類有 ~51V × 27D × 6J 重鏈片段）加上連接多樣性（junctional diversity，由 TdT 隨機加入 N-nucleotides）理論上可產生 >10¹¹ 種受體。在骨髓中，自我反應性 B 細胞經歷負向選擇：透過受體編輯（receptor editing）改變輕鏈、無能化（anergy）或凋亡（clonal deletion）來維持中樞耐受。
T 細胞在胸腺中經歷正向選擇（positive selection，能與自身 MHC 適度結合的細胞存活）和負向選擇（negative selection，與自體抗原-MHC 強結合的被刪除），確保成熟 T 細胞既能辨認 MHC 又不攻擊自身。AIRE 蛋白在胸腺髓質上皮細胞中驅動組織限制性抗原的異位表現，擴展負向選擇的覆蓋範圍；AIRE 基因突變會導致自體免疫多內分泌病變候群（APS-1/APECED）。
活化與效應機制
T 細胞活化需要三重信號：Signal 1 為 TCR 辨認 pMHC 複合物（CD4 配對 MHC-II、CD8 配對 MHC-I）；Signal 2 為共刺激分子的交互作用（CD28 結合 APC 上的 B7）；Signal 3 為細胞激素環境決定分化方向。缺乏 Signal 2 會導致 T 細胞進入無能化狀態而非活化，這是外周耐受的重要機制。CTLA-4 和 PD-1 作為免疫檢查點，分別透過競爭 B7 結合和抑制 TCR 下游訊號來煞車——腫瘤利用 PD-L1 表現來逃避 T 細胞攻擊，而免疫檢查點抑制劑（anti-PD-1/PD-L1，如 pembrolizumab 和 nivolumab）釋放此抑制，恢復抗腫瘤免疫力（2018 年諾貝爾生理醫學獎，Allison & Honjo）。
B 細胞的 T-dependent 活化發生在次級淋巴器官的生發中心（germinal center, GC）。GC 暗區（dark zone）進行體細胞超突變（AID 酶催化 Ig 可變區突變率達 10⁻³/bp/division），亮區（light zone）由 FDC 上的抗原-抗體複合物和 Tfh 細胞競爭性篩選高親和力突變體，實現親和力成熟。類別轉換重組（CSR）同樣由 AID 介導，在 switch regions 催化 DSB 再接合，將 IgM 轉換為 IgG/IgA/IgE。
免疫記憶的分子基礎
記憶 B 細胞和長壽漿細胞（LLPCs，在骨髓中可存活數十年）是疫苗保護力的基礎。記憶 T 細胞分為效應記憶（TEM，循環並快速產生效應功能）、中樞記憶（TCM，高增殖潛力，居於次級淋巴器官）和組織駐留記憶（TRM，定居於屏障組織提供最前線防禦）。
臨床轉譯
mRNA 疫苗（如 BNT162b2）：遞送編碼抗原的 mRNA → 宿主細胞翻譯蛋白 → MHC-I/II 呈現 → 同時誘導 CD8⁺、CD4⁺ 和 GC 反應。CAR-T 療法將患者 T 細胞裝上嵌合抗原受體繞過 MHC 限制直接辨認腫瘤抗原（如 CD19），在 B-ALL 中達到 >80% CR 率。