剪接體的結構機制是 Cryo-EM 在大型動態 RNP 複合體應用的典範。
催化中心的 RNA 架構
U2 和 U6 snRNA 形成的催化核心包含：(1) U6 的 ACAGAGA box 與 5' splice site 配對；(2) U2-U6 helix I 形成的 catalytic triplex（三個連續的 Hoogsteen-type base triples with Mg²⁺ coordination）。兩個催化 Mg²⁺ 離子（M1 和 M2）定位在 catalytic triplex 中，與 Group II intron 和蛋白質 splicing endonuclease 的 two-metal-ion mechanism 完全類似。這提供了最強的結構證據：spliceosome 是一個 ribozyme——RNA 是催化者，蛋白質是結構和動態調節者。
Cryo-EM 捕捉的構象態全景
Shi 實驗室（施一公, 清華/西湖大學）以酵母 S. cerevisiae 和人類 spliceosome 系統性解析了從 B^act 到 P 複合體的幾乎所有中間態（平均解析度 ~3-4 Å）。關鍵觀察：(1) Prp16 和 Prp22（DEAH-box RNA helicases）以 ATP 驅動構象重排，是「RNA remodeling engine」；(2) 5' exon 在整個反應中被 U5 snRNA loop 1 穩定；(3) 第一步到第二步的轉變涉及 branch helix 的重新定位（~20 Å 移動）。
剪接在疾病和治療中的角色
SF3B1 突變是 MDS（骨髓增生不良症候群）和 CLL 中最常見的剪接因子突變。Pladienolide B 及其衍生物（E7107, H3B-8800）靶向 SF3b 複合體的 PHF5A-SF3B1 界面——Cryo-EM 結構（Cretu et al., 2018, Mol. Cell）揭示了藥物的確切結合位點和作用機制（穩定 branch-point A 的 pre-docked 構象）。Risdiplam（見 RNA 結構條目）則靶向 SMN2 pre-mRNA 與 U1 snRNP 的界面。
文獻參考：Yan, C. et al. (2015). Science, 349, 1182-1191. / Galej, W.P. et al. (2016). Nature, 537, 197-201. / Fica, S.M. et al. (2013). Nature, 503, 229-234.