水平基因轉移（Horizontal Gene Transfer, HGT）在原核演化中的角色已從「偶發異常」提升為「核心過程」，深刻影響了系統學、基因組學與演化理論。
原核基因組的鑲嵌性
Gogarten & Townsend（2005, Nat. Rev. Microbiol.）估計典型細菌基因組中 ~10-20% 的基因可能在近期通過 HGT 獲得。Treangen & Rocha（2011, PLoS Genet.）比較多個完成基因組發現，核心基因組（core genome）相對保守，但 accessory genome 高度可變——主要由 HGT 驅動的「基因組島（genomic islands）」構成，常攜帶抗藥性、毒力因子或新代謝通路。
HGT 對生命之樹的挑戰
Doolittle（1999, Science）的標誌性論文主張：如果 HGT 普遍存在，原核生物的演化歷史不應以單一樹呈現，而應為「生命之網（web of life）」。然而 Ciccarelli et al.（2006, Science）以 31 個通用蛋白質標記建樹，認為核心譜系信號仍可辨識。當代共識是「核心基因支持樹狀結構，但 accessory genome 呈網狀」——tree of life 仍有意義，但需加上大量的 reticulation。
基因組島與 HGT 偵測
HGT 偵測方法包括：(1) 組成偏差法：GC 含量、密碼子使用與基因組背景顯著不同的區段可能為外來（Lawrence & Ochman, 1997）——但此信號隨時間被基因組同化（amelioration）而消失；(2) 系統發育不一致法：基因樹與物種樹拓撲衝突；(3) 分布法：在近緣物種中不均勻分布的基因。Ravenhall et al.（2015, Mol. Biol. Evol.）比較各方法的靈敏度與特異度，建議多方法聯合判斷。
真核生物中 HGT 的規模
Keeling & Palmer（2008, Nat. Rev. Genet.）回顧真核 HGT：粒線體/葉綠體的內共生基因轉移（EGT）是最大規模的 HGT 事件——估計 ~1,000-1,500 個原粒線體基因和 ~1,500 個藍綠菌基因已轉移到核基因組（Timmis et al., 2004, Nat. Rev. Genet.）。非 EGT 的真核 HGT 案例不斷增加：(1) Wolbachia→昆蟲基因組的大規模插入（Dunning Hotopp et al., 2007, Science）；(2) 豌豆蚜的真菌來源類胡蘿蔔素基因（Moran & Jarvik, 2010, Science）；(3) 輪蟲（bdelloid rotifers）基因組中約 ~8% 為外來基因，可能與其無性生殖策略有關（Gladyshev et al., 2008, Science）。
Partridge et al.（2018, Clin. Microbiol. Rev.）的全面回顧指出：可移動遺傳元件（mobile genetic elements, MGEs）——質體、整合子、轉位子——構成了抗藥性基因的「傳播基礎建設」。碳青黴烯酶基因（如 KPC、NDM-1）通過接合型質體在腸桿菌科中的全球擴散是當代最嚴峻的公衛挑戰之一。
前沿：宏基因組（metagenomics）偵測環境中的 HGT 事件即時動態；CRISPR-Cas 系統作為細菌「免疫」抗 HGT 的機制及其演化動態；以及合成生物學中人工設計的基因水平轉移系統。