共演化作為演化生物學與群落生態學交界的核心概念，在當代已從「配對物種」擴展到「地理鑲嵌」與「多物種網絡」的尺度。
地理鑲嵌共演化理論（Geographic Mosaic Theory of Coevolution, GMTC）
Thompson（1994, The Coevolutionary Process; 2005, The Geographic Mosaic of Coevolution）提出 GMTC 三大要素：(1) selection mosaic：互動的選擇結果隨地理變異；(2) coevolutionary hotspots/coldspots：強互相選擇區域與弱或不對稱選擇區域交錯；(3) trait remixing：基因流、隨機漂變與 meta-population 動力重新分布性狀。此理論統一了「共演化是地方性而非物種層級」的觀點。Thompson & Cunningham（2002, Nature）以 Greya politella 蛾與 Lithophragma parviflorum 植物的共演化動力驗證 GMTC。
紅皇后假說的實驗驗證
Jaenike（1978）將紅皇后假說連結至性的演化：寄生蟲驅動的頻率依賴選擇偏好基因重組產生的罕見基因型。Lively（1987, Nature）以紐西蘭淡水螺（Potamopyrgus antipodarum）自然同時存在有性與無性支系，發現有性型在寄生蟲壓力高的湖區占優勢——經典場地證據。Morran et al.（2011, Science）以 Caenorhabditis elegans 與 Serratia marcescens 的實驗演化系統，操縱交配模式證明寄生蟲共演化維持 outcrossing。
寄主-寄生蟲基因體軍備競賽
Obbard et al.（2009, PLoS Biol.）以 Drosophila 免疫基因的群體基因組學顯示抗病毒 RNAi 路徑（如 Dcr-2, Ago2）經歷極強的正向選擇（dN/dS 高，strong selective sweeps），遠超其他功能類別的基因——直接對應與 RNA 病毒的軍備競賽。Enard et al.（2016, eLife）以跨物種分析顯示哺乳類中 ~30% 的適應性演化訊號可歸因於病毒互動。
基因對基因系統的分子解剖
Jones & Dangl（2006, Nature）提出植物免疫的「zigzag model」：病原體 PAMP 觸發 PTI → 效應子抑制 PTI → R 蛋白辨識效應子觸發 ETI → 病原體新效應子逃避 ETI。此模型擴展了 Flor 的原始 gene-for-gene。Karasov et al.（2014, Nature）分析 Arabidopsis thaliana 群體的 RPS2 與 AvrRpm1 系統，發現 balancing selection 維持多樣性。
化學生態學的分子基礎
Wheat et al.（2007, PNAS）鑑定十字花科植物的 glucosinolate-myrosinase 防禦系統與 Pieris 白粉蝶幼蟲的 NSP（nitrile-specifier protein）反制的基因體變化。Edger et al.（2015, PNAS）以系統基因組學追溯 Brassicales 與 Pieridae 的對應輻射（escape-and-radiate 模型，Ehrlich & Raven 1964 的直接驗證）。
Brodie 蠑螈-蛇系統
Brodie et al.（2002, Nature; 2005, Trends Ecol. Evol.）在太平洋西北記錄 Taricha granulosa（TTX 毒素）與 Thamnophis sirtalis（TTX 抗性鈉通道 Nav1.4 突變）的共演化熱點。Feldman et al.（2009, 2012, PNAS）鑑定 Nav1.4 p-loop 中的關鍵替換（Y1561V 等）造成抗性；Hague et al.（2020）使用群體基因組學擴展至整個地理鑲嵌，顯示選擇景觀的強烈空間結構。
共物種形成（Cospeciation）與系統發生共演化
Page（1994, Cladistics）提出 tanglegram 分析比較寄主-寄生系統樹。Hafner & Nadler（1988, Nature）以口鼠（Geomyidae）與其毛蝨（Geomydoecus）證明嚴格共物種形成。Cruaud et al.（2012, Syst. Biol.）對無花果-無花果蜂系統分析揭示共物種形成存在，但也有 host switching 與 duplication 事件——「部分共物種形成」（cospeciation imperfecta）為普遍規律。
網絡層級共演化
Guimarães et al.（2017, Nature）以傳粉-互利網絡的理論模型顯示間接互動（through shared partners）可驅動 trait matching，即使未直接互動的物種也會共演化。此擴展將傳統的 pairwise coevolution 重塑為 diffuse coevolution 或 multi-species coevolution。Medeiros et al.（2018, PNAS）以種子散播網絡驗證此預測。
前沿：(1) 基因體尺度以 PhyloG²P 鑑定共演化模式；(2) 微生物組共演化（holobiont 概念，Rosenberg & Zilber-Rosenberg, 2018）；(3) 文化-基因共演化（如乳糖耐受性與酪農業）的量化模型；(4) 合成生物學中人工共演化系統的建立。