母性效應基因（maternal-effect genes）的產物構成了早期胚胎的分子工具箱，在合子基因組活化（ZGA）前指揮細胞分裂、軸建立和初始細胞命運分化。
Bicoid 作為形態素的經典證據與現代修正
Driever & Nüsslein-Volhard（1988, Cell）的里程碑實驗證明 Bicoid 以濃度依賴方式啟動不同閾值的靶基因（hunchback at low threshold, orthodenticle at high threshold），符合 Wolpert 的「法國國旗模型」。然而，現代研究揭示 Bicoid 梯度的解讀並非如此簡單：（1）Bicoid 的擴散係數測量值（~0.3 μm²/s by FCS, Gregor et al., 2007, Cell）難以在合理時間內建立觀測到的梯度長度——「Source-Degradation」模型可能需要主動轉運機制的補充；（2）胚胎間的 Bicoid 梯度變異度為 ~10%，但 hunchback 表達邊界的位置精度達到 ~1% 的胚胎長度——此精度可能依賴下游的基因調控網路整合多個輸入來「銳化」（sharpening）邊界（Houchmandzadeh et al., 2002, Nature）。
mRNA 定位的分子機制
bicoid mRNA 的 3'UTR 含有一個 ~625 nt 的定位元件（BLE, bicoid localization element），被 Staufen 蛋白識別並結合。定位過程分階段：（1）卵護細胞（nurse cells）中轉錄的 mRNA 經環管（ring canal）運輸到卵母細胞；（2）在卵母細胞中，Dynein 馬達蛋白沿微管的負端（前端）方向運輸 mRNA-蛋白質複合體；（3）到達前端後被 Swallow 蛋白和肌動蛋白網絡錨定。oskar mRNA 的後端定位則依賴 Kinesin 馬達和 Staufen 的不同結合模式（Ephrussi & Bhatt, 2008, Cold Spring Harb Perspect Biol）。
母源-合子轉換（MZT）的調控
MZT 是一個雙重過程：母源 mRNA 的選擇性降解 + 合子轉錄的啟動。在果蠅中，母源 mRNA 降解由兩波清除完成：第一波由母源的 Smaug 蛋白（RNA 結合蛋白）靶向含有 SRE（Smaug recognition element）的 mRNA 進行去腺苷化和降解；第二波由合子轉錄產生的 miR-309 簇介導（Bushati et al., 2008, Curr Biol）。在斑馬魚中，miR-430 是主要的合子 miRNA，靶向數百條母源 mRNA 的 3'UTR 進行降解（Giraldez et al., 2006, Science）。
哺乳類的母源因子——Subcortical Maternal Complex
哺乳類卵子含有獨特的「皮質下母源複合體」（SCMC），由 NLRP5/MATER、TLE6、FLOPED、PADI6 等蛋白組成。SCMC 基因敲除導致 2 細胞期發育阻滯（two-cell block），證明其在 MZT 和早期卵裂中不可或缺（Li et al., 2010, Genes Dev）。SCMC 的功能可能包括細胞質格子（cytoplasmic lattice）的組裝——一種儲存核糖體和 mRNA 的結構平台。