Mtb 的致病與持留（persistence）策略是分子微生物學的經典模型。
ESX 分泌系統與免疫逃避
Mtb 擁有五套 Type VII secretion system（ESX-1 至 ESX-5）。ESX-1 分泌的 ESAT-6/CFP-10 異二聚體是關鍵致病因子：ESAT-6 在酸性環境下插入 phagosomal membrane 形成孔洞，導致 phagosome 破裂→cytosolic access→cGAS-STING 途徑活化→Type I IFN 生成（有利於 Mtb 存活而非宿主防禦）。RD1 缺失（即 ESX-1 缺失）是 BCG 減毒的分子基礎（Mahairas et al., 1996, J Bacteriol 178:1274）。
肉芽腫的異質性
非人靈長類模型（NHP）的 PET-CT 追蹤顯示，同一宿主內不同肉芽腫有截然不同的命運——有些自行滅菌、有些持續帶菌、有些發展為空洞。Barry et al.（2009, Nat Rev Microbiol 7:845）提出肉芽腫是「獨立的微生態系」，由局部免疫微環境（Th1/Th17 balance、hypoxia、lipid metabolism）決定結局。此觀點改變了 TB 免疫學從「全身免疫」到「局部免疫」的思維轉換。
持留菌（Persisters）與藥物靶點
Mtb 在低氧、低營養的肉芽腫中心進入非複製持留狀態（Wayne model in vitro 模擬）。Isoniazid（INH）靶向 InhA（enoyl-ACP reductase），需 KatG 活化為自由基→NAD adduct 形成。Rifampin 靶向 RNA polymerase β 亞基（rpoB）。Pyrazinamide（PZA）在酸性環境被 PncA 轉化為 pyrazinoic acid → 干擾膜能量代謝與 trans-translation（ribosomal rescue pathway），是殺 persister 的關鍵藥物，解釋了為何加入 PZA 可將療程從 9 個月縮短到 6 個月（Zhang & Mitchison, 2003, Int J Tuberc Lung Dis 7:6）。
Bedaquiline 與新藥進展
Bedaquiline（TMC207）靶向 ATP synthase 的 c subunit（atpE），阻斷氧化磷酸化——這是 40 年來第一個全新機制的抗結核藥（Andries et al., 2005, Science 307:223）。BPaL 方案（Bedaquiline + Pretomanid + Linezolid）在 TB-PRACTECAL trial 中對 MDR/XDR-TB 達到 89% 治癒率，療程僅 6 個月（Nyang'wa et al., 2024, NEJM 390:1522）。
分子流行病學
MIRU-VNTR（24-locus）是傳統分型工具，現已被 WGS 取代。Mtb 基因體高度保守（SNP rate ~0.5/genome/year），使 WGS 可精確追蹤傳播鏈並區分 reactivation vs recent transmission（Walker et al., 2013, NEJM 368:2155）。
文獻：Barry CE et al. 2009. Nat Rev Microbiol 7:845-855. / Andries K et al. 2005. Science 307:223-227. / Walker TM et al. 2013. NEJM 368:2155-2166.