S. aureus 的致病策略、免疫逃避和抗藥性演化是微生物致病學的經典模型。
Agr Quorum Sensing 系統
S. aureus 以 accessory gene regulator（agr）系統調控致病因子的時序表達。低密度時表達表面蛋白（黏附、定殖）；高密度時 AIP（autoinducing peptide）累積 → AgrC/AgrA 二元訊號系統活化 → RNAIII 上調分泌性毒素/酵素、下調表面蛋白。agr 功能喪失突變在慢性感染（如骨髓炎、植入物感染）中常見——因為持續黏附 + biofilm 策略對慢性定殖更有利（Yarwood & Schlievert, 2003, J Clin Invest 112:1620）。四種 agr type（I-IV）定義四種 AIP 特異性，不同 agr type 間的 AIP 互相抑制（cross-inhibition），可能調控混合感染中的菌株競爭。
Immune Evasion Cluster（IEC）
S. aureus 基因體中的免疫逃避基因簇包括 CHIPS（chemotaxis inhibitory protein，阻斷 C5aR 和 fMLP receptor）、SCIN（staphylococcal complement inhibitor，穩定 C3 convertase 於非活性構象）、SAK（staphylokinase，溶解 fibrin 助擴散 + 結合 defensin 中和其殺菌活性）。這些基因多位於 β-hemolysin-converting phage（ɸ Sa3），是 human-adapted S. aureus 的標誌——動物適應株通常缺乏 IEC（Sung et al., 2008, J Bacteriol 190:3225）。
VISA 與 VRSA
Vancomycin intermediate S. aureus（VISA, MIC 4-8 μg/mL）：機制為細胞壁增厚（「vancomycin trapping」）——大量未交聯的 D-Ala-D-Ala 靶點消耗 vancomycin 使其無法到達細胞膜處的真正靶點。常見 walKR（yycFG）等二元調控系統突變。VRSA（MIC ≥16）極罕見（全球 <20 例），機制為從 VRE 獲得 vanA 基因（位於 Tn1546 轉座子，由接合質體轉移）——Weigel et al.（2003, Science 302:1569）首報。
Phage-encoded 致病因子
S. aureus 基因體的 15-25% 為 prophage DNA。PVL（lukSF-PV）由 ɸ SLT 編碼；enterotoxin A 由 ɸ Sa3 編碼；ETA（exfoliative toxin A）由 ɸ ETA 編碼。Lysogenic conversion 是 S. aureus 獲得新致病因子的主要途徑——與噬菌體療法的挑戰交織（噬菌體可能攜帶毒力基因而非用於治療）。
文獻：Yarwood JM & Schlievert PM. 2003. J Clin Invest 112:1620-1625. / Weigel LM et al. 2003. Science 302:1569-1571. / Lowy FD. 1998. NEJM 339:520-532（經典綜述）.