轉分化代表了對 Waddington 景觀的「水平穿越」——不翻越全能性山頂，而是在分化態之間直接轉換。
Pioneer Factor 機制
Soufi et al.（2015, Mol Cell）以 ATAC-seq 和 ChIP-seq 解析直接重編程的 chromatin accessibility 動態：
- Ascl1 是真正的 pioneer factor——能結合 nucleosomal DNA 上的靶位點，不需要預先存在的 chromatin accessibility。
- Brn2 和 Myt1l 則不能單獨結合 closed chromatin，需要 Ascl1 先「開門」。
- Myt1l 的主要功能是抑制非神經基因（特別是 Notch 和 myogenic programs），而非活化神經基因（Mall et al., 2017, Nature）。
iCM 的體內轉化
Song et al.（2012, Nature）和 Qian et al.（2012, Nature）各自在小鼠心梗模型中以 retroviral delivery GMT（或 GHMT + Hand2）將心臟纖維母細胞直接轉為 iCM，改善心功能。但：
- 效率和可重複性受到質疑（Chen et al., 2012, Circ Res 報告效率遠低於原始報告）。
- 人類纖維母細胞的轉化需要更多因子（+miR-1, miR-133, miR-208, miR-499）和更長的成熟時間（Nam et al., 2013, PNAS）。
- 最新進展：microRNA cocktail + small molecules 的無病毒體內遞送策略。
部分轉分化與可塑性
Morris et al.（2014, Nature）以 single-cell RNA-seq 追蹤 B-to-macrophage 轉分化，發現過程中細胞不是「乾淨地」從一個身分跳到另一個，而是經歷一個「模糊」的中間態——同時表達兩種細胞的基因。這與 iPSC 重編程中的 stochastic phase 呼應。
化學直接重編程
Li et al.（2015, Cell Stem Cell）以全小分子將小鼠纖維母細胞直接轉為 iN——VCRFSGY 組合（VPA, CHIR99021, RepSox, Forskolin, SP600125, GO6983, Y-27632）。Yang et al.（2019, Cell Stem Cell）以化學方法轉為功能性 dopaminergic neuron。
臨床轉化前景
直接重編程的終極願景是「體內原位轉化」——在受損組織中直接將疤痕形成細胞（纖維母細胞）轉為功能細胞。AAV 遞送是最有前景的載體，但需解決：(1) 遞送效率, (2) 脫靶轉化（非目標細胞也被感染）, (3) 長期安全性（轉錄因子持續表達）。
文獻：Vierbuchen T et al. (2010) Nature 463:1035-41 / Zhou Q et al. (2008) Nature 455:627-32 / Soufi A et al. (2015) Mol Cell 58:586-94 / Mall M et al. (2017) Nature 544:245-9