蛋白質標靶的分子機制涉及信號辨識、膜轉運和品質監控三個層面。Blobel（1975, J Cell Biol）預測信號肽的存在，經 Milstein 實驗室的無細胞翻譯系統證實，獲 1999 年諾貝爾獎。
SRP 途徑的結構動態
哺乳動物 SRP 是核糖核蛋白複合體（7SL RNA + SRP9/14/19/54/68/72）。SRP54 的 M domain 結合信號肽疏水核心，NG domain 的 GTPase 調控 cargo 遞交。SRP-ribosome-Sec61 複合體的 cryo-EM 結構（Voorhees et al., 2014, Science）揭示：SRP 結合 ribosome exit tunnel 口，引導新生肽直接穿過 Sec61 的 lateral gate 進入 ER 腔體或插入膜中。SRP 與 SRP receptor 的 reciprocal GTPase activation（Shan et al., 2004, Science）驅動 cargo 轉移——兩個 GTPase 相互刺激水解。
Sec61 Translocon 的結構與功能
Sec61 是 αβγ 異三聚體通道。α 亞基形成沙漏狀通道，中央有 pore ring（hydrophobic residues）和 plug domain 維持封閉。信號肽插入打開 lateral gate → 分泌蛋白穿過通道 → 跨膜蛋白的 TM segment 從 lateral gate 側向離開進入脂雙層。Stop-transfer anchor sequence 和 signal-anchor sequence 決定跨膜蛋白的拓撲方向（Nout vs Nin）。
ER 品質監控與 UPR
Calnexin/calreticulin cycle：N-linked 醣鏈的 glucose trimming 狀態標記折疊進度。UGGT（UDP-glucose glycoprotein glucosyltransferase）作為折疊感受器，將未正確折疊的糖蛋白重新 glucosylate 使其回到 calnexin cycle。持續失敗 → EDEM 辨識 → retro-translocation（HRD1/Sec61）→ p97/VCP 拉出 → 泛素化 → proteasome 降解（ERAD）。
蛋白質折疊壓力觸發 UPR（Unfolded Protein Response）三大分支：IRE1α（XBP1 splicing）、PERK（eIF2α 磷酸化抑制翻譯）、ATF6（切割活化入核）。UPR 的慢性活化與神經退化（Alzheimer's/Parkinson's）、糖尿病（β 細胞 ER stress）和癌症相關。
非經典蛋白質分泌
不含信號肽的蛋白質透過 unconventional protein secretion（UPS）分泌：FGF2 以 PI(4,5)P₂ 依賴方式直接穿膜；IL-1β 經 inflammasome 活化後由 GSDMD（gasdermin D）孔洞釋出；galectin-3 可能透過 MAPS（misfolding-associated protein secretion）或 autophagosome-based 途徑。
文獻參考：Blobel, G. & Dobberstein, B. (1975). J Cell Biol, 67, 835-851. / Voorhees, R.M. et al. (2014). Science, 346, 1258026. / Hetz, C. et al. (2020). Nat Rev Mol Cell Biol, 21, 421-438.