Southern（1975, J Mol Biol）的發明開創了分子雜交偵測的時代。雖然 NGS 和質譜技術在通量上已遠超 blotting，但這些技術在特定場景中仍不可替代。
Southern Blot 的分子遺傳學應用
Southern Blot 在臨床分子遺傳學中仍有不可替代的角色：
- Trinucleotide repeat expansion：Fragile X（CGG repeat >200）、myotonic dystrophy（CTG repeat >50）——PCR 無法可靠擴增大 repeat，Southern 提供 repeat 長度的直接評估
- Immunoglobulin/TCR gene rearrangement：淋巴瘤 clonality 評估（雖逐漸被 NGS-based 方法取代）
- Transgene integration：確認轉基因動物的插入位置和拷貝數
Western Blot 的技術革新與標準化
傳統 Western 的定量性差（非線性偵測範圍、batch variation）。改進方向：
- LI-COR 近紅外螢光 Western：雙色偵測（靶蛋白 + loading control 同時）、線性範圍更寬
- Capillary Western（Wes/Jess, ProteinSimple）：自動化、微量樣品（3 μL lysate）、數位化輸出
- Stain-free total protein normalization（Bio-Rad）取代 housekeeping gene 作為 loading control
然而 Western 的再現性危機是已知問題——Bhatt et al.（2021）的調查顯示 Western 是 biomedical 論文中 irreproducibility 的主要來源之一。抗體品質（特異性、lot-to-lot variation）是核心問題。recombinant monoclonal antibodies 和嚴格的抗體驗證（ENCODE 標準）正在改善此情況。
現代替代技術
- Mass spectrometry-based proteomics：TMT/iTRAQ 定量蛋白質組學在發現層面取代 Western
- Targeted proteomics（MRM/PRM）：絕對定量特定蛋白質，靈敏度和特異性超越 Western
- Proximity ligation assay（PLA）：在原位偵測蛋白質互作和 PTM
- Simple Western / Ella：全自動化免疫分析取代傳統 ELISA 和 Western
但 Western 因設備門檻低、成本低、操作直覺，在基礎研究中仍是最普及的蛋白質偵測方法。
文獻參考：Southern, E.M. (1975). J Mol Biol, 98, 503-517. / Towbin, H. et al. (1979). PNAS, 76, 4350-4354 (Western blot). / Bass, J.J. et al. (2017). Scand J Med Sci Sports, 27, 4-25 (Western blot guidelines).