Whittaker 五界系統是 20 世紀分類學的重要里程碑，但分子系統發育學已徹底重塑生命樹的理解。
分類學的哲學轉變
人為分類 (artificial)：方便但非演化關係（如 Linnaeus 性系統）。自然分類 (natural)：反映真實親緣關係。Hennig (1966) 支序分類學 (cladistics)：只有單系群 (monophyletic) 為有效分類單元。
五界系統為何失敗
- Monera 是多系群：Bacteria 和 Archaea 來自不同演化線，不構成一個界
- Protista 是並系群：排除 Plantae, Fungi, Animalia 後的殘餘集合
- 真菌-動物姊妹群：Opisthokonta 包含動物+真菌+choanoflagellates，推翻傳統植物-動物二分
現代真核生物超級群 (Supergroups)
根據分子系統發育學 (Adl et al. 2019)：Opisthokonta（動物、真菌、choanoflagellates）；Amoebozoa（變形蟲、黏菌）；Archaeplastida（植物、綠藻、紅藻、glaucophytes）；SAR（褐藻、矽藻、纖毛蟲、有孔蟲）；Excavata（眼蟲、trypanosomes）。
分類的實務爭議
PhyloCode vs Linnaean ranks：「界」本身是否還有意義？微生物界的「物種」定義：16S rRNA > 97% similar = 同一 OTU。水平基因轉移 (HGT) 模糊物種界線。
發現新界級分類群
近年 metagenomics 發現：CPR (Candidate Phyla Radiation)：極小基因組細菌；DPANN 古菌：小基因組、共生；Asgard 古菌：含真核特徵蛋白。這些發現不斷挑戰「界」的定義。
教育 vs 研究的分類使用
五界系統在 K-12 教育仍有價值：直觀、可操作。但大學以上應引入支序分類概念，強調分類應反映演化歷史而非形態便利性。